Beasiswa berprestasi merupakan salah satu Program di SMP Al Muhadjirin dalam bidang Akademik maupun Non-Akademik. Beasiswa ini dapat diraih oleh peserta didik yang berprestasi melalui perolehan Nilai Rapor tertinggi serta lomba-lomba atau kompetisi yang diadakan diluar sekolah sesuai dengan tingkatannya, yaitu Tingkat Kota, Tingkat Provinsi, Tingkat Nasional maupun Tingkat Internasional.
Diharapkan melalui program Beasiswa ini dapat memicu dan mengasah kemampuan siswa dengan bakat dan minat yang dikuasai.