Ekstrakurikuler merupakan kegiatan pengembangan minat dan bakat peserta didik. Terdapat 2 (dua) kategori pilihan dalam ekstrakurikuler, yaitu Wajib dan Pilihan.
Ada beberapa kegiatan ekstrakurikuler yang ada di SMP Al Muhadjirin, diantaranya adalah: Tahfidzul Qur’an, English Club, Futsal, Pencak Silat, Paskibra, dan IT Club.
