Program unggulan dari SMP Al Muhadjirin adalah menggunakan kurikulum nasional dan ditambah dengan kurikulum khas yaitu berupa Muatan Lokal Sekolah dengan ditambah Mata Pelajaran Tahfidz dan Bahasa Arab untuk kelas Fullday dan BTHQ untuk kelas Reguler. Sarana penunjang yang sangat lengkap ditambah dengan tenaga pendidik yang sesuai dengan kompetensi nya dan dikemas dalam proses pembelajaran yang kontekstual melalui design pembelajaran yang disesuaikan dengan kebutuhan peserta didik.
