Yayasan Pendidikan Islam (YAPIM) Al Muhadjirin (sekarang Yayasan Pendidikan Al Muhadjirin Bekasi Raya) berdiri pada tahun 1986 yang dilatarbelakangi oleh faktor kebutuhan akan sarana sekolah bagi para pendatang yang tinggal dan menetap di Perumnas 3 Bekasi dan sekitarnya.
Diawali dengan mendirikan sebuah Taman Kanak-Kanak (TK) yang berlokasi di Jl. P. Buton VII No. 140 Perumnas 3 Bekasi dengan nama TK Islam Al Muhadjirin dan sebagai Kepala Sekolah adalah Ibu W. Hartati. Adapun nama Al Muhadjirin sendiri diambil dari Bahasa Arab yang memiliki arti Pendatang Baru (orang-orang hijrah), yang datang dan/untuk menetap serta tinggal di lingkungan Perumnas 3 dan sekitarnya. Pada tahun 1988 TK Islam Al Muhadjirin yang berlokasi di Jl. P. Buton VII No. 140 Perumnas 3 dipindahkan ke lokasi baru yaitu di Jl. Borobudur Raya Perumnas BTN Duren Jaya Permai. Hal ini dilakukan karena adanya kepentingan dari permintaan serta tuntutan warga setempat.
Setahun kemudian atau tahun 1987 dengan latar belakang yang sama didirikan TK Islam Al Muhadjirin II yang berlokasi di Jl. P. Jawa Raya Perumnas 3 Bekasi dengan Kepala Sekolah Ibu Yusfi. Pada tahun 1988 didirikan pula Madrasah Diniyah Awwaliyah (MDA) Al Muhadjirin dengan kepala Sekolah Bapak Marjuki Rahmat, S.PdI.
Masih ditahun 1987 bersamaan dengan itu didirikan pula SLTP Al Muhadjirin (SMP Al Muhadjirin). Hingga saat ini SMP Al Muhadjirin telah memiliki status Akreditasi “A” dan telah mengalami beberapa kali pergantian kepemimpinan yaitu :
- Bapak Ibrahim : 1986 – 1988
- Bapak Suchud Achmadi : 1988 – 1992
- Bapak H. Sahroni, M.Pd : 1992 – 2005
- Ibu Nina Nuraini, S.Pd : 2005 – 2007
- Ibu Eva Purnamayanti, S.Pd : 2007 – sekarang
Sebagai suatu kewajiban bagi kami untuk membentuk putra-putri yang cerdas dikalangan umat dan bangsa untuk menjadi generasi selanjutnya sebagai generasi muslim yang ber-intelektualitas tinggi dan memiliki kepribadian yang islami.
SMP Al Muhadjirin berada dibawah naungan Yayasan Pendidikan Islam Al Muhadjirin (sekarang Yayasan Pendidikan Al Muhadjirin Bekasi Raya / YAPIMBR) sekarang dipimpin oleh Bapak Olah Solahudin, SH, yang mengelola pendidikan :
- Taman Kanak-Kanak (TK) Islam Al Muhadjirin
- Madrasah Diniyah Awwaliyah (MDA) Al Muhadjirin
- Sekolah Menengah Pertama (SMP) Al Muhadjirin
- Sekolah Menengah Atas (SMA) Al Muhadjirin
- Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) Al Muhadjirin
- Sekolah Menengah Kejuruan Kesehatan (Djikes) Al Muhadjirin